با حکم رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران، قاسم جان‌بابایی به عنوان رئیس پژوهشکده انکولوژی، هماتولوژی و سل‌تراپی این دانشگاه منصوب شد.
جان‌بابایی از شهریور ۱۳۹۶ تا آذر ۱۴۰۰ معاون درمان وزارت بهداشت بوده است.
حال این سوال مطرح است که آیا جان‌بابایی همان فردی نیست که در دوره معاونت او ۱۶ دستگاه شتاب‌دهنده خطی به ارزش حدود ۴۰ میلیون یورو خریداری شد اما هنوز راه‌اندازی نشده‌اند؟ علت عدم راه‌اندازی این دستگاه‌ها چیست و آیا جان‌بابایی نباید در این زمینه پاسخگو باشد؟ همچنین وی باید به این سوال پاسخ دهد که آیا این دستگاه‌ها براساس نامه نمایندگان مجلس توزیع شده‌اند یا توزیع آنها حاصل کار کارشناسی بوده است.
سوال دیگر اینکه با توجه به تخصص جان‌بابایی در زمینه درمان بیماری‌های خون و سرطان بزرگسالان، وی در دوران معاونت درمان وزارت بهداشت به غیر از توزیع تجهیزات پزشکی سرمایه‌ای مانند سی‌تی اسکن و ام‌آر‌آی، چه اقدامات دیگری در زمینه پیشگیری و درمان بیماران سرطانی و کاهش آلام آنها انجام داده است.
